O tribunal da comarca de Coimbra é composto, na sua estrutura, por instâncias centrais, instâncias locais, secções de proximidade e ainda por um tribunal de competência alargada, o tribunal de execução das penas (artigos 33.º e 114.º da LOSJ), conforme o mapa que segue:

Para além do tribunal de execução de penas, é na cidade de Coimbra que na sua maioria se concentram as instâncias centrais (só assim não sucede com a instância central de família e menores e a instância central de trabalho, uma e outra com secções na Figueira da Foz). Transitoriamente, estão deslocalizadas a instância central de comércio e a instância central de execuções, para Montemor-o-Velho e Soure, respetivamente.

O Tribunal de Execução de Penas é o único tribunal de competência alargada inserido na comarca, conforme se reflete no organograma que se segue:

O organograma seguinte representa a estrutura das instâncias locais, indicando por um lado, as que integram secções especializadas (cível e criminal) e, por outro, as que não apresentam secções desdobrados, sendo, por isso, secções genéricas, com referência à respetiva competência territorial.

Por fim, apresenta-se a estrutura orgânica do Departamento de Investigação e Ação Penal da comarca de Coimbra.